Para convertir videos de mkv a mp4 en GNU Linux es súper fácil, puedes utilizar la herramienta ffmpeg desde una Terminal de la siguiente forma.
ffmpeg -i archivo-origen.mkv -codec copy archivo-destino.mp4
Debes sustituir los nombres archivo-origen.mkv y archivo-destino.mp4 segun sea tu caso.
Si quieres hacer lo inverso, es decir convertir de mp4 a mkv ejecuta ffmpeg de la siguiente forma.
ffmpeg -i archivo-origen.mp4 -vcodec copy -acode copy archivo-destino.mkv
Si tienes varios videos por ejemplo de una serie y los quieres convertir utilizas el siguiente comando.
for f in *.mkv; do ffmpeg -i "$f" -codec copy "${f%.*}.mp4"; done
Si se puede, ya agregué en el post como debes ejecutar el comando.
Se puede al reverso?? De MP4 a MKV?